Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky plní úlohy riadiaceho orgánu pre operačný program Výskum a inovácie a úlohu platobnej jednotky. Sprostredkovateľskými orgánmi pre operačný program Výskum a inovácie sú Ministerstvo hospodárstva SR a Výskumná agentúra. Operačný program Výskum a inovácie je spolufinancovaný z Európskeho fondu regionálneho rozvoja.